Oddelek je razdeljen na šest organizacijskih enot – kateder. Te so: Katedra za didaktiko biologije, Katedra za ekologijo, Katedra za fiziologijo živali in etologijo, Katedra za geobotaniko, Katedra za kemijsko izobraževanje in Katedra za zoologijo in mikrobiologijo.  V okviru Oddelka za biologijo deluje Inštitut za biologijo, ekologijo in varstvo narave, ki  je organizacijska enota raziskovalcev Oddelka za biologijo. Člani inštituta delujejo tako v okviru temeljnih kot tudi aplikativnih raziskav v biologiji, ekologiji in naravovarstvu. S pedagoškim in raziskovalnim delom je povezana ustrezna opremljenost laboratorijev in zbirk. V okviru oddelka deluje vivarij.